| Datum | Heim | Gast | ||
|---|---|---|---|---|
| Mi. 03.10.12, 13:30 | FSV Zwickau | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 (0:0) |
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| Fr. 24.08.12, 19:00 | FC Carl Zeiss Jena | 1. FC Magdeburg | 0:0 (0:0) |
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| Sa. 01.09.12, 13:30 | FC Carl Zeiss Jena | Berliner AK 07 | 2:2 (2:0) |
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| Fr. 14.09.12, 19:00 | 1.FC Union Berlin II | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 (0:1) |
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| So. 23.09.12, 13:30 | FC Carl Zeiss Jena | TSG Neustrelitz | 2:1 (2:1) |
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| Sa. 29.09.12, 13:30 | 1. FC Lokomotive Leipzig | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 (1:0) |
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| So. 07.10.12, 13:30 | FC Carl Zeiss Jena | FSV Optik Rathenow | 3:0 (1:0) |
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| Sa. 20.10.12, 13:30 | VfB Germania Halberstadt | FC Carl Zeiss Jena | 0:2 (0:1) |
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| Fr. 26.10.12, 19:00 | FC Carl Zeiss Jena | VfB Auerbach | 5:3 (3:1) |
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| So. 04.11.12, 13:30 | ZFC Meuselwitz | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 (0:0) |
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| Fr. 09.11.12, 19:00 | FC Carl Zeiss Jena | VFC Plauen | 0:0 (0:0) |
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| So. 18.11.12, 13:30 | Hertha BSC II | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 (0:1) |
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| Fr. 23.11.12, 19:00 | FC Carl Zeiss Jena | Torgelower SV Greif | 2:1 (0:0) |
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| So. 02.12.12, 13:30 | RasenBallsport Leipzig | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 (0:0) |
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| Sa. 08.12.12, 13:30 | FC Carl Zeiss Jena | FC Energie Cottbus II | 2:0 (2:0) |
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| Sa. 23.03.13, 13:30 | FC Carl Zeiss Jena | FSV Zwickau | 1:1 (0:1) |
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| Mi. 24.04.13, 19:00 | 1. FC Magdeburg | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 (1:1) |
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| Di. 07.05.13, 18:00 | Berliner AK 07 | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 (0:0) |
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| Mi. 15.05.13, 18:30 | FC Carl Zeiss Jena | 1.FC Union Berlin II | 1:0 (1:0) |
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| Mi. 10.04.13, 17:30 | TSG Neustrelitz | FC Carl Zeiss Jena | 2:3 (1:2) |
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| Di. 16.04.13, 19:00 | FC Carl Zeiss Jena | 1. FC Lokomotive Leipzig | 3:0 (1:0) |
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| Mi. 22.05.13, 18:30 | FSV Optik Rathenow | FC Carl Zeiss Jena | ||
| Sa. 06.04.13, 13:30 | FC Carl Zeiss Jena | VfB Germania Halberstadt | 1:1 (0:1) |
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| So. 14.04.13, 13:30 | VfB Auerbach | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 (1:1) |
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| Sa. 20.04.13, 13:30 | FC Carl Zeiss Jena | ZFC Meuselwitz | 4:1 (0:1) |
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| So. 28.04.13, 13:30 | VFC Plauen | FC Carl Zeiss Jena | 1:3 (1:2) |
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| Sa. 04.05.13, 13:30 | FC Carl Zeiss Jena | Hertha BSC II | 2:1 (0:0) |
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| Sa. 11.05.13, 13:30 | Torgelower SV Greif | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 (1:1) |
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| So. 19.05.13, 13:30 | FC Carl Zeiss Jena | RasenBallsport Leipzig | 4:5 (2:3) |
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| Sa. 25.05.13, 13:30 | FC Energie Cottbus II | FC Carl Zeiss Jena |
