Der 23-jährige Mittelfeldspieler war zuletzt für den österreichischen Bundesligisten Sturm Graz aktiv, zu dem er im Sommer 2018 von der Zweitvertretung des FC Bayern München wechselte.
Der in Prien am Chiemsee geborene Raphael Obermair unterschrieb an den Kernbergen einen bis Sommer 2021 geltenden Vertrag.
FCC-Trainer Lukas Kwasniok: „Raphael fiel mir bereits als Spieler in der U19 auf. Er ist schnell, technisch stark und zudem mit und ohne Ball sehr aktiv. Er kann auf beiden Außenbahnen sowohl defensiv als auch offensiv spielen, was ihn sehr flexibel macht. Und er ist einer, der charakterlich sehr gut ins Team passen wird.“
Chris Förster, Geschäftsführer des FC Carl Zeiss Jena: „Mich freut es, dass es uns im Rahmen unserer Budgetvorgaben gelungen ist, mit Raphael Obermair einen Spieler an uns zu binden, der in unser Konzept passt und von dem sich unser Trainer viel verspricht.“