Die Gremien des FC Carl Zeiss Jena e.V. sind unterteilt in die Organe Aufsichtsrat, Präsidium, Ehrenrat, Disziplinarkommission und Wahlausschuss.
Aufsichtsrat
- Andreas Krug (Vorsitzender)
- Michael Russ (stv. Vorsitzender)
- Hans-Jürgen Backhaus
- Uwe John
- Daniel Knau
- Ralph Lenkert
- Sven-Carsten Wedding
Präsidium
- Ralph Grillitsch (Präsident)
- Tom Hilliger (Vizepräsident)
- Michael Kramer (Schatzmeister)
- Frank Becker
- Tina Scherneck
- Elisabeth Wackernagel
- Stefan Treitl
Ehrenrat
- Matthias Barz
- Andreas Böhnwald
- Uwe Dern
- Christian Gürtler
- Torsten Scherer
- Carsten Sträßer
Disziplinarkommission
- Peter Voß (Vorsitzender)
Wahlausschuss
- Thomas Petzold
- Jörg Dern
- Mike Ukena
- Toni Schley
- Marcus Springstein
