Die Gremien des FC Carl Zeiss Jena e.V. sind unterteilt in die Organe Aufsichtsrat, Präsidium, Schatzmeister, Ehrenrat, Disziplinarkommission und Wahlausschuss.
Aufsichtsrat
- Andreas Krug (Vorsitzender)
- Laura Brosius (stv. Vorsitzende)
- Ralph Lenkert
- Michael Russ
- Stefan Treitl
Präsidium
- Ralph Grillitsch (Präsident)
- Tom Hilliger (Vize-Präsident)
- Michael Kramer (Schatzmeister)
- Elisabeth Wackernagel
- Hans-Jürgen Backhaus
Ehrenrat
- Peter Voß (Vorsitzender)
- Matthias Barz
- Christian Gürtler
- Torsten Scherer
- Carsten Sträßer
Disziplinarkommission
- Peter Voß (Vorsitzender)
Wahlausschuss
- Thomas Petzold
- Jörg Dern
- Mike Ukena
- Toni Schley
- Marcus Springstein
