Die Gremien des FC Carl Zeiss Jena e.V. sind unterteilt in die Organe Aufsichtsrat, Präsidium, Schatzmeister, Ehrenrat, Disziplinarkommission und Wahlausschuss.
Aufsichtsrat
- Prof. Dr. Mario Voigt (Vorsitzender)
- Tobias Knuschke (stv. Vorsitzender)
- Rico Tietze
- Andreas Buttler
- Christian Otto Grötsch
- Ralf Hanemann
- Petra Rottschalk
- Michael Russ
- Stefan Treitl
Präsidium
- Klaus Berka (Präsident)
- Frank Jauch (Vize)
- Rocco Walther (Schatzmeister)
- Christoph Ackermann
- Sidney Balan
- Laura Brosius
- Ulrich Göhr
- Hans-Dieter John
- Andreas Wiese
Ehrenrat
- Heinz-Uwe Stelzer (Vorsitzender)
- Dr. Horst Schlensog
- Matthias Barz
- Ulrich Göhr
Disziplinarkommission
- Peter Voß (Vorsitzender)
Wahlausschuss
- Thomas Petzold
- Olaf Albrecht
- Jörg Dern
- Mike Ukena
