Die Gremien des FC Carl Zeiss Jena e.V. sind unterteilt in die Organe Aufsichtsrat, Präsidium, Schatzmeister, Ehrenrat, Disziplinarkommission und Wahlausschuss.
Aufsichtsrat
- Ralph Grillitsch (Vorsitzender)
- Laura Brosius (stv. Vorsitzende)
- Ralph Lenkert
- Carsten Müller
- Andreas Krug
- Michael Russ
- Stefan Treitl
Präsidium
- Klaus Berka (Präsident)
- Rocco Walther (Schatzmeister)
- Christoph Ackermann
- Sidney Balan
- Laura Brosius
- Hans-Dieter John
- Andreas Wiese
Ehrenrat
- Hans-Jürgen Backhaus
- Matthias Barz
- Christian Gürtler
- Torsten Scherer
- Carsten Sträßer
Disziplinarkommission
- Peter Voß (Vorsitzender)
Wahlausschuss
- Thomas Petzold
- Jörg Dern
- Mike Ukena
- Toni Schley
- Marcus Springstein
