Die Gremien des FC Carl Zeiss Jena e.V. sind unterteilt in die Organe Aufsichtsrat, Präsidium, Schatzmeister, Ehrenrat, Disziplinarkommission und Wahlausschuss.
Aufsichtsrat
- Willi Obitz (Vorsitzender)
- Dr. Mario Voigt (stellv. Vorsitzender)
- Hans-Dieter John
- Tobias Knuschke
- Ronny Schultz
- Rico Tietze
- Jonas Zipf
Präsidium
- Klaus Berka (Präsident)
- Andreas Wiese (Vize)
- Rocco Walther (Schatzmeister)
- Lydia Mehlberg
- Hans-Jürgen Backhaus
- Sidney Balan
Ehrenrat
- Heinz-Uwe Stelzer (Vorsitzender)
- Dr. Horst Schlensog
- Matthias Barz
- Charalambos Dimopulos
Disziplinarkommission
- Peter Voß (Vorsitzender)
Wahlausschuss
- Thomas Petzold
- Frank Jauch
- Olaf Albrecht
- Jörg Dern
- Mike Ukena
